電子納品のデータを作成して電納編集ツール出力を行い、一度電納編集ツールを閉じて格納したもののリンク情報を削除し、削除されたリンクに移し、既存追加から再度出力し、Media出力を行うとリンクが削除されておらず、不必要なファイルが入ってきてしまいます。

成果管理で格納したファイルのリンクを削除し、既存追加で再度出力しても、既存のファイルは削除されません。（ファイル追加はされますが、削除はされません。）
一度出力したものについては電納編集ツールで削除をお願いします。