電子納品用図面をSFCで作成したが、成果フォルダの種類がDMのところに格納してもいいですか？

発注先でSXFファイルでもいいと言われているのであれば、入れてもいいと思います。ただし、国交省チェックシステムでは拡張子のエラーになります。

成果フォルダの種類と異なるファイルを格納する場合の注意としまして、INFINITYの測量成果の電子納品用フォルダに格納していただいた後、登録済ファイル一覧画面でSFCファイルを右クリックしてファイル変換無し「*」に設定してから測量電子納品出力してください。