P12形式証明書ファイルのラジオボタン選択してP12形式ファイルの選択とパスワードを設定しているが、「フォルダに署名ファイルがありません。署名を中止します。」とエラーになりPDF署名できません。

FANの[設定]-[登記データ設定]-登記支援[設定]の電子署名証明書に何も登録されていないことが考えられます。

証明書ファイル(.cer)が取込まれているか確認してください。

※登録するcerファイル(本来であれはP12形式のファイルと対になる証明書ファイル)ですが、無い場合は日調連の証明書ファイルでも構いません。