基準点の観測してから電子平板でそのまま観測したいが何かいい方法はないか？

任意座標で観測された場合は、あとで座標管理で座標を変更するとプロットに付随するデータ（特殊線）などは変更した位置にきますが、平行線はプロットを通っていないので変更されないデータもありますのでご注意ください。 また、INFITNIYはライセンス持ち出し可能ですので、基準点のOPを持ち出して現地で基準点計算してから観測する方法も１つの手だと思います。