登記追加プログラムで更新確認に出てきたアップデートプログラムをインストールしようとするが、「WNI_SYSに新しいバージョンの設定ファイルが存在します」となってインストールできない。

最新版のインストールDVDから、「追加プログラム」を再インストールした上でお試しください。それでも解決しない時は、INFINITYプログラムを再インストールした上で追加プログラムを再インストールしてください。