縦断図を作成してそのままSXFに書き込もうとすると「名称の無い座標系があります」とエラーになります。

縦断ワークに路線名が入力されていないことが原因です。
路線名が図面の座標系名になります。
縦断ワークを選択して、上部の情報をクリックし、路線名を入力してください。