.NET2.1をインストールしたら自在眼のインストール画面が表示しましたが、削除が押せず、インストールのみ表示しますが問題ないですか？

はい。以前は自在眼をインストールされていなかったんだと思います。自在眼の新規インストールの場合は、インストールのみの表示になりますのでそのままインストールをお願いいたします。