登記情報 付録画像を印刷すると画像がずれます。また、クライアント側で登記情報を取得しようとするとバージョンが違う、といったメッセージが表示されます。

エクセル編集画面でデータが下方へずれているとのことでしたので、エクセル余白設定の可能性があります。登記情報取得に失敗する件はバージョンずれが考えられますので、保守ユーザー設定でサバクラ双方のバージョンの確認と、更新を実行してみてください。