要素法の計算で出したIP間計算書の距離と、座標の2点間の距離が異なる。ヘルマート変換してから路線計算をしているが、ヘルマート変換する前の距離は、計算書とあっている。

要素法はIP点の座標を計算して出力するので、計算後に2点間を測ると同じ距離になります。
また、ヘルマート変換する前の路線SIMAデータとヘルマート変換後の現場データを比較したところ、路線SIMAはフル桁の座標値で、現場データは3位四捨五入の座標をヘルマート変換でフル桁にしているので、値が違ってきています。フル桁の路線SIMAデータをヘルマートかけて路線計算すると同じになると思います。